Originalmente designado como Pacaca, un nombre de cacique , el nombre del cantón se cambió a Mora en honor a Juan Rafael Mora Porras (1814-1860), el segundo presidente de Costa Rica.
El río Virilla establece el límite norte del cantón, con el río Grande de Tárcoles delineando su límite más occidental. Los ríos Chucás, Quebrada Grande, Viejo y Tabarcia marcan el límite occidental del cantón; los ríos Jorco, Tabarcia y Negro, límite sur; y una serie de estribaciones que se elevan hacia los Cerros de Escazú delimitan la frontera oriental del cantón.