Morro Alto es la montaña más alta de Flores , Azores , Portugal . Forma parte de un proceso traquítico representado por el Pico da Sé, formando un imponente aparato volcánico incrustado entre dos profundos valles erosionados, producto de los ríos Badanela y Fazenda.
El clima atlántico húmedo actúa como modelador ecológico creando la “zona neblinosa” con vientos muy fuertes y altas precipitaciones, favoreciendo la aparición de turberas, donde predomina el enebro de las Azores , lo que le da a esta zona alta un aspecto peculiar y distintivo del resto de la isla. El mirador que se encuentra allí se encuentra a gran altura y mira desde Morro Alto a un paisaje de vegetación endémica bastante variado, con extensos macizos de bosques de laurisilva característicos de la Macaronesia , por lo que es un lugar clasificado de paisaje protegido. La altitud permite una vista completa de gran parte de la isla de Flores y el mar circundante.
Actualmente forma parte de la Zona de Especial Conservación de la Zona Central-Morro Alto. Muy cerca se encuentran Pico da Burrinha, Testa da Igreja y Pico dos Sete. En las mesetas que lo rodean, en el lado de Fajã Grande, Pontas Brancas, Burrinha, Água Branca y Rochão Grande. Junto a las lagunas de Funda, Comprida, Seca y Água Branca y los meandros de Ribeira Grande y muchos otros cursos de agua.
Antiguamente Morro Alto era un pasaje obligatorio para quien viajaba de Fajã Grande a Cedros . Del mismo modo, pastores de Fajã, que el día de Fio, recorrieron Burrinha y Água Branca para recoger las ovejas esparcidas en esos lugares lejanos.