Muangthanhinius se clasificó inicialmente como incertae sedis dentro de Adapiformes porque Marivaux et al. (2006) notó su distinción de otras familias adaptiformes nombradas. Los autores notaron su similitud con Bugtilemur , cuestionando las supuestas afinidades lemuriformes de este último. Ni et al. (2016) recuperaron Muangthanhinius como parte de la familia Ekgmowechashalidae junto con Ekgmowechashala , Bugtilemur y Gatanthropus . [3]