El río Mucuim atraviesa el Parque Nacional Mapinguari , una unidad de conservación de 1,776,914 hectáreas (4,390,850 acres) creada en 2008. [2] Al norte del parque nacional es atravesado por la Carretera Trans-Amazónica (BR-230), luego corre a través del Bosque Nacional Balata-Tufari antes de unirse al Purus. [3] El río fluye a través de la ecorregión de bosques húmedos Purus-Madeira en sus tramos superiores. [4] Fluye a través de la ecorregión Purus várzea antes de unirse al Purus.
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