La sexta temporada de la serie de televisión de comedia estadounidense Scrubs se estrenó en NBC el 30 de noviembre de 2006 y concluyó el 17 de mayo de 2007 y consta de 22 episodios. La serie se trasladó a los jueves a las 9:00 pm como parte de Comedy Night Done Right de NBC . Las estrellas invitadas en la sexta temporada incluyeron a Keri Russell y Michael Weston . Esta temporada contó con el episodio musical de la serie, " My Musical ".
En el transcurso de la temporada, JD y los otros personajes deben madurar para cumplir con los diferentes roles que se les requieren. JD, por ejemplo, interpreta el papel de un futuro padre ya que su novia, la Dra. Kim Briggs ( Elizabeth Banks ), está embarazada de su hijo. Turk y Carla se convierten en padres cuando Carla da a luz a su hija, Isabella Turk. Elliot planea su boda con Keith, aunque ella y JD todavía albergan sentimientos el uno por el otro. El Dr. Cox, como padre de dos hijos con Jordan, lucha para evitar que su mala disposición afecte su paternidad. Se abordan temas importantes, como la importancia del liderazgo, si todo sucede por una razón e incluso la muerte.
La sexta temporada vio salir a más escritores. Tim Hobert se fue después de los primeros 3 episodios, al igual que Tad Quill. Gabrielle Allan regresó como productora consultora durante la primera mitad de la temporada. Clarence Livingston fue contratado como editor de historias. Andy Schwartz y Dave Tennant fueron contratados como redactores del personal. Aunque Eric Weinberg y Sean Russell escribieron cada uno un episodio esta temporada, no formaban parte del equipo de redacción. Weinberg volvió a escribir precisamente ese episodio. Russell fue el coordinador del guión, a quien se le dio la oportunidad de escribir un episodio.