La segunda temporada de la serie de televisión de comedia estadounidense Scrubs se estrenó en NBC el 26 de septiembre de 2002 y concluyó el 17 de abril de 2003 y consta de 22 episodios. Para la segunda temporada, Neil Flynn se convirtió en una serie regular. Colin Hay protagonizó como invitado por primera vez. También es la primera vez que un episodio le da la narración a otro habitual, en "His Story".
El programa usó una secuencia de créditos de apertura más larga para los episodios 1 y 2, moviéndose a través de la sala en lugar de solo dos camas, incluida una toma de Flynn como The Janitor , mostrando los nombres de los habituales de la serie y terminando con la radiografía de tórax que muestra el corazón en el lado izquierdo del pecho. NBC quería contenido más largo en los episodios, por lo que los créditos volvieron permanentemente a la versión más corta en el episodio 3, sin los nombres de Flynn ni de los actores y con la radiografía de tórax con imagen de espejo.
La segunda temporada se centra en el segundo año del Dr. John Dorian practicando medicina en Sacred Heart, donde ahora es residente. En la apertura de la temporada, todos todavía están en estado de shock por los secretos que Jordan acaba de revelar ("Mi último día"). A medida que avanza la temporada, el hermano mayor de JD, Dan ( Tom Cavanagh ), viene de visita, los problemas de dinero afectan a JD, Elliot y Turk, Turk le propone matrimonio a Carla y Elliot encuentra un nuevo novio, una enfermera llamada Paul Flowers ( Rick Schroder ). El Dr. Cox reanuda una relación sexual con su ex esposa Jordan, con resultados bastante inesperados.
Se agregó a Tim Hobert como productor consultor. Angela Nissel fue contratada como redactora de planta para esta temporada. April Pesa, la coordinadora del guión, tuvo la oportunidad de escribir un episodio. Bonnie Sikotwiz (acreditada como Bonnine Schneider) y Hadley Davis, a quienes Lawrence conocía a través de Spin City , entraron a escribir un episodio esta temporada.
Después de que Jordan reveló que se acostó con JD, espera lo peor del Dr. Cox. Elliot, avergonzado por la revelación de Jordan sobre sus persistentes sentimientos por JD, está evitando a JD a toda costa. Carla está enojada con Turk por no decirle que el Dr. Cox estaba enamorado de ella, y el Dr. Cox está enojado con el Dr. Kelso por haber sido interpretado por una promoción inexistente y con JD por acostarse con Jordan.
El Dr. Kelso comienza una competencia improvisada con los residentes, ofreciendo una conferencia médica con todos los gastos pagados en Reno si pueden traerle el estudio de caso más interesante. JD quiere competir, pero teme perder el favor del Dr. Cox si lo hace. Todo el hospital aprovecha el buen humor anual del Dr. Kelso el día después de que renueva sus "actividades maritales" con su esposa Enid. A Elliot le preocupa que no se lleve bien con Carla.