El nombre genérico se refiere al hecho de que la localidad tipo, Iga , era un centro de entrenamiento en Japón para guerreros ninja. [1]
Ninjadelphis se distingue de otros alodelfinidos por tener una exposición de forma trapezoidal de los frontales en el vértice craneal, una cresta nucal que sobresale parcialmente del extremo posterior del maxilar, un basioccipital más ancho y crestas basioccipitales que divergen ampliamente en la parte posterior. [1]