La liga se fundó en 1906 e inicialmente tuvo éxito, con equipos que desertaron de la Northern Football Alliance rival para jugar. Aunque algunos miembros (como Darlington ) se transfirieron para unirse a la Football League Third Division North en 1921, la North Eastern League absorbió a la Northern Alliance en 1925–26 y se dividió en dos divisiones. La liga pasó nueve años así, volviendo a una división en 1935; clubes de la segunda división que reformaron la Alianza de Fútbol del Norte, que se convirtió en un alimentador de ella.
Con el paso de los años, los números disminuyeron y la liga se retiró inicialmente en 1958 después de la retirada de los equipos de reserva de los clubes de la Football League. Los miembros restantes se transfirieron inicialmente a la Midland Football League antes de fundar la Northern Counties League en 1960. La Northern Counties League pasó a llamarse North Eastern League en 1962–63 , pero se retiró por segunda vez en 1964.