La villa fue fundada el 1 de noviembre de 1549 como Nueva Pamplona del Valle del Espíritu Santo , en honor a la capital del Reino de Navarra , Corona de Castilla , por Pedro de Ursúa y Ortún Velasco de Velázquez. De allí partieron las expediciones que fundaron, entre otras, las poblaciones de Mérida, San Cristóbal y La Grita, en la República de Venezuela, y Ocaña, Salazar de las Palmas, Chinácota, San Faustino , Bucaramanga y Cúcuta en Colombia.
Los indígenas, llamados Chitareros por los españoles, fueron los primeros habitantes de la antigua Provincia de Pamplona . Así los llamaban los españoles , por la costumbre general que tenían los hombres de llevar colgados de la cintura calabazo o totumo con chicha o vino de maíz como lo llamaban los españoles. Al preguntar cómo se llamaba la cosa que cargaban, los indígenas respondieron que era un chitarero .
Cuando la zona fue ocupada por Pedro de Ursúa y Ortún Velasco en 1549, redujeron a los primitivos pobladores al régimen de encomiendas . Alrededor de 100 grupos o capitanejos estaban distribuidos en 53 encomiendas por todo el territorio, según el investigador Jaramillo Uribe.
La ubicación del pueblo permitió que se convirtiera en una importante vía comercial entre el Virreinato de la Nueva Granada y la Capitanía de Venezuela , con territorios de gran fertilidad y yacimientos auríferos en la sierra, se convirtió en uno de los territorios más ricos de la colonia, solo competido por los provincia del Socorro, lo que contribuyó a que fuera considerada un eje político y administrativo de la corona española desde la época de la conquista.
Pamplona se ganó el sobrenombre de "Ciudad Patriótica" ya que Simón Bolívar la describió como pionera de la revolución neogranadina el 4 de julio de 1810, en persona de doña Agueda Gallardo de Villamizar (libertad que finalmente declaró el 31 de julio del mismo año con una Asamblea provisional), y luego, entre mil ochocientos diecinueve y mil ochocientos veintiuno, por haber contribuido notablemente con recursos humanos y económicos para, sin igual, el desarrollo libertador de Colombia y Venezuela. Pamplona era tan importante como Bogotá.
En 1910, con la creación del Departamento de Norte de Santander , fueron incluidos dentro de su jurisdicción política, integrándose como la Provincia de Pamplona, que a su vez está conformada por los municipios de Cácota de Velasco, Cucutilla, Chitagá, Labateca, Mutiscue, Pamplonita, Toledo y Silos. Culturalmente cabe destacar un sin fin de actividades que se extienden a los planos nacional e internacional, que hacen de la Ciudad Estudiantil un epicentro turístico que bien vale la pena compartir: la Semana Mayor -que junto con las fiestas de Mompox y Popayán son los más importantes del país.