Pedro de Villagra y Martínez (1513 en Mombeltrán , provincia de Ávila - 11 de septiembre de 1577 en Lima ) fue un militar español que participó en la conquista de Chile , siendo nombrado su Real Gobernador entre 1563 y 1565.
Su padre era Juan de Villagra, un funcionario civil menor. En 1537 se trasladó de España a Cartagena de Indias , luego a Santa Marta y más tarde a Perú . Llegó a Chile con la expedición de Pedro de Valdivia .
Con la fundación de Santiago , Villagra ocupó durante 4 años el cargo de alcalde de la ciudad. Valdivia también le otorgó una encomienda en Tirúa . Tras la muerte del gobernador, regresó a Perú, donde se casó con Beatriz de Figueroa.
Regresó a Chile cuando su sobrino (¿primo?) Francisco de Villagra fue gobernador por primera vez. Luchó en la Guerra de Arauco y tomó el mando de las fuerzas del sur cuando el gobernador enfermó. En 1556 comandó las fuerzas que hicieron retroceder a Lautaro desde Santiago en la Batalla de Peteroa .
Volvió a comandar fuerzas al mando de Francisco de Villagra cuando volvió a ser gobernador en 1561. Cuando Francisco de Villagra murió el 22 de junio de 1563, dejó a Pedro de Villagra como gobernador interino. Así lo confirmó posteriormente el virrey del Perú , Diego López de Zúñiga y Velasco . Su estrategia militar lo llevó a concentrar sus fuerzas, desalojando el fuerte Arauco para reforzar Angol y Concepción . Algunas de las peores derrotas mapuche se sufrirían a través del ataque a Angol, donde las fuerzas de guarnición lideradas por Lorenzo Bernal del Mercado infligieron más de mil bajas y mataron al toqui Illangulién en laBatalla de Angol . Posteriormente encabezó una nueva campaña en el sur, aliviando el Sitio de Concepción y resultando en las victoriosas batallas de Reinohuelen y Tolmillán contra los mapuches al norte del río Bio-Bio . Esta serie de derrotas resultó en unos años de aparente paz entre españoles y mapuche.
Con la muerte del virrey López de Zúñiga y Velasco en 1564 la situación política se deterioró para Villagra. En 1565, por orden del nuevo virrey Lope García de Castro , fue reemplazado por Rodrigo de Quiroga , arrestado y enviado a Perú, donde logró limpiar su nombre. Después de su absolución, solicitó al rey las reparaciones que creía debidas, pero nunca recibió respuesta.