El río Pemaquid de 19 millas comienza en Tobias Pond en Waldoboro y termina en Johns Bay, Bristol, Maine .
La cuenca del río Pemaquid cubre partes de seis pueblos y tiene un tamaño de 46,9 millas cuadradas, de las cuales 5,4 millas cuadradas son agua y 41,5 millas cuadradas son tierra.
La cuenca del río Pemaquid incluye las subcuencas que desembocan en el río Pemaquid o en Pemaquid Harbor (incluido Little Falls Brook, que desemboca en Pemaquid Harbor , y Beaver Dam Brook, que desemboca en Duckpuddle Pond). También incluye la costa hasta Pemaquid Point en Johns Bay en el lado oeste de la península. El límite de la cuenca del río Pemaquid atraviesa las cumbres de Johnston Hill y Cordwood Hill en el este y Eugley Hill en el extremo norte. La cuenca del río Pemaquid incluye 11 estanques.