El río Stillwater nace 15 millas al sur de la frontera entre Montana (Estados Unidos) y Alberta (Canadá), al oeste del Parque Nacional Glacier en el Bosque Nacional Kootenai . Corre principalmente hacia el sur hasta Duck Lake , luego Upper Stillwater Lake, Lagoni Lake y Lower Stillwater Lake. Luego fluye hacia el sur hasta Kalispell , donde se une al río Whitefish , muy cerca de donde ese río desemboca en el río Flathead .