R. Sankar se convirtió en el primer ministro de Kerala cuando Pattom Thanupillai fue nombrado gobernador del estado de Punjab . Permaneció como Ministro Principal de Kerala desde el 26 de septiembre de 1962 hasta el 10 de septiembre de 1964. Tuvo que dimitir cuando se aprobó una moción de censura en la Asamblea.
El partido del Congreso pasó por una escisión durante este período. La dimisión de PT Chacko del Ministerio de R. Sankar había allanado el camino para la eventual formación del Congreso de Kerala . Después de su prematura muerte, los leales a Chacko en el partido del Congreso se agruparon y formaron el Congreso de Kerala bajo el liderazgo de KM George de Muvattupuzha con la bendición de Mannath Padmanabhan .
El ministro del Interior en el gabinete de R. Shankar, P. T Chacko tuvo que dimitir. Esto allanó el camino para frecuentes luchas internas en el partido del Congreso. Después de la muerte de PT Chacko en agosto de 1964, KM George asumió el liderazgo del grupo disidente en el Congreso. Los 15 MLA del Congreso solicitaron que el Presidente de la Cámara sea considerado como un grupo separado bajo el liderazgo de KM George y el líder adjunto R. Balakrishna Pillai . Posteriormente, se presentó una moción de censura en la asamblea. Después de dos días de discusión, la moción de censura pasó 50 contra 73 votos y R. Sankar renunció.