Raphael Kirchheim (nacido en Frankfurt am Main 1804; murió allí el 6 de septiembre de 1889) fue un erudito judío alemán.
Kirchheim tenía una disposición belicosa y participó muy activamente en el ataque general contra la administración de Ámsterdam de la Ḥaluḳḳah en 1843-44, que estaba especialmente dirigido contra Hirsch Lehren de Ámsterdam, presidente de la junta de administración. Kirchheim criticó severamente Der Pentateuch de Samson Raphael Hirsch en un panfleto titulado Die Neue Exegetenschule: Eine Kritische Dornenlese (Breslau, 1867).
Kirchheim dejó una valiosa colección de hebraica y judaica a la escuela religiosa de la sinagoga M. Horovitz de Frankfort.