RaptorX es un software y servidor web para la predicción de funciones y estructuras de proteínas que es gratuito para uso no comercial. RaptorX es uno de los métodos más populares para la predicción de la estructura de proteínas. [1] [2] [3] [4] [5] Al igual que otras técnicas remotas de reconocimiento de homología/enhebrado de proteínas, RaptorX es capaz de generar regularmente modelos de proteínas confiables cuando el ampliamente utilizado PSI-BLAST no puede hacerlo. Sin embargo, RaptorX también es significativamente diferente de los métodos basados en perfiles (p. ej., HHPred y Phyre2).) en que RaptorX sobresale en el modelado de secuencias de proteínas sin una gran cantidad de homólogos de secuencia al explotar la información de la estructura. RaptorX Server ha sido diseñado para garantizar una interfaz fácil de usar para usuarios inexpertos en métodos de predicción de estructura de proteínas.
Después de pegar una secuencia de proteína en el formulario de envío de RaptorX, un usuario normalmente esperará un par de horas (dependiendo de la longitud de la secuencia) para que se complete una predicción. Se envía un correo electrónico al usuario junto con un enlace a una página web de resultados. RaptorX Server actualmente genera los siguientes resultados: predicción de estructura secundaria de 3 y 8 estados, alineación de plantilla de secuencia, predicción de estructura 3D, predicción de accesibilidad de solvente, predicción de desorden y predicción de sitio de unión. Los resultados predichos se muestran para apoyar el examen visual. Los archivos de resultados también están disponibles para su descarga.
RaptorX Server también produce algunas puntuaciones de confianza que indican la calidad de los modelos 3D previstos (en ausencia de sus correspondientes estructuras nativas). Por ejemplo, produce el valor P para la calidad global relativa de un modelo 3D, GDT (Prueba de distancia global) y uGDT (GDT no normalizado) para la calidad global absoluta de un modelo 3D y RMSD por posición para la calidad local absoluta en cada residuo . de un modelo 3D.
Las aplicaciones de RaptorX incluyen la predicción de la estructura de proteínas, la predicción de la función, la alineación de la estructura de la secuencia de proteínas, la clasificación evolutiva de las proteínas, la guía de mutagénesis dirigida al sitio y la resolución de estructuras cristalinas de proteínas mediante reemplazo molecular . En el experimento de predicción de estructura de proteína ciega CASP 9, RaptorX ocupó el segundo lugar entre aproximadamente 80 servidores automáticos de predicción de estructura. RaptorX también generó las mejores alineaciones para los 50 objetivos CASP 9 TBM (modelado basado en plantillas) más difíciles. en CASP 10, RaptorX es el único grupo de servidores entre los 10 principales grupos humanos/servidores para los 15 objetivos CASP 10 TBM más difíciles.
RaptorX es el sucesor del sistema de predicción de estructuras de proteínas RAPTOR. RAPTOR fue diseñado y desarrollado por el Dr. Jinbo Xu y el Dr. Ming Li en la Universidad de Waterloo. RaptorX fue diseñado y desarrollado por un grupo de investigación dirigido por el Prof. Jinbo Xu en el Instituto Tecnológico de Toyota en Chicago.