Harnott trabajó como albañil y se convirtió en miembro activo de la Sociedad Operativa de Masones . En 1847, fue elegido secretario general del sindicato y se centró en centralizar las operaciones del sindicato. Como era habitual en los sindicatos de la época, su sede se trasladó de pueblo en pueblo, pasando unos años en cada uno, y Harnott en el tiempo se instaló en Liverpool, Leeds, Bolton, Bradford y Bristol. El comité central fue proporcionado por la sucursal local en la ciudad, y la voluntad de Harnott de moverse significó que pronto fue, con mucho, el funcionario sindical más experimentado. [1]
En sus primeros años, Harnott solo fue reelegido por un estrecho margen cada año, a muchas ramas no les gustó su centralización y su negativa a dar permiso por infracciones de las reglas del sindicato. Su apoyo aumentó gradualmente, el mayor punto de inflexión fue en 1863 cuando se le envió una carta amenazadora y una cuerda atada con una soga, presuntamente de Henry Faulkner, un líder de la rama de Manchester. Esto sorprendió a los miembros y desalentó la disensión. [1]
Si bien Harnott tenía poca participación con el movimiento sindical nacional, y al oponerse a la conciliación obligatoria, se opuso directamente a la " Junta ", envió una delegación a Escocia para ayudar a la Asociación de Masones Operativos Unidos de Escocia a reconstruir después de casi todo. Se derrumbó en 1878. El éxito de esta llevó a otras delegaciones a zonas de Inglaterra y Gales donde el sindicato carecía de organización, en un intento de reclutar, una nueva idea entre los sindicatos. Bajo su liderazgo, se desarrolló la idea de una huelga estacional, solo durante los meses de verano, cuando los albañiles tenían más demanda. [1]
Harnott dirigió al sindicato a través de sucesivas victorias, enfrentándose a un intento de 1858 de una nueva Federación de Maestros Constructores de introducir pagos por hora con una huelga nacional. En 1860, había logrado una jornada laboral de nueve horas en la mayor parte de Lancashire. Un gran intento de los empleadores en 1869 para imponer el pago por hora fue nuevamente derrotado en gran medida, aunque en Liverpool y Manchester los albañiles finalmente fueron derrotados. [1]
En 1867, el sindicato decidió nombrar a un secretario adjunto, siendo el Sr. Atkins la elección de la mayoría de las logias. Sin embargo, al enviar las papeletas de votación, Harnott incluyó una nota en la que pedía a los miembros que no votaran por Atkins, ya que no le agradaba. Atkins fue derrotado por James Dyer. Esto desafió las reglas del sindicato y fue muy controvertido, pero Harnott se ganó el apoyo del comité del sindicato y obtuvo un voto de confianza de los miembros en su conducta. [1]
En 1870, Harnott sufría de deterioro de la salud, pero continuó trabajando muchas horas, con la ayuda de Dyer, efectivamente como empleado. A su muerte, el Manchester Times declaró que Harnott ha sido "tan conocido en los círculos comerciales como Gladstone en el mundo político". [1]