Se eleva a una altura de 1.440 m (4.720 pies) en el macizo de Zugspitze . El Partnach es alimentado por aguas de deshielo del glaciar Schneeferner unos 1.100 m (3.600 pies) más arriba. Las aguas de deshielo del glaciar se filtran en el lecho rocoso kárstico y vuelven a salir a la superficie cerca de la fuente del Partnach.
El Partnach luego fluye por el valle de Reintal . Hasta 2005 había aquí dos lagos de montaña: el Vordere Blaue Gumpe y el Hintere Blaue Gumpe. En el primer lago, el agua del Partnach fue embalsada por pedregal de desprendimientos de rocas. Como resultado de las fuertes lluvias, la presa natural, causada por los desprendimientos de rocas, fue parcialmente arrastrada y el lago se llenó por completo con sedimentos. Como resultado, el Blaue Gumpe ya no existe en la actualidad.
El Partnach tiene los siguientes afluentes que se unen a él en o cerca del kilómetro del río que se muestra entre paréntesis: