Rwekunye está a 192 kilómetros (119 millas) al noroeste de Kampala en la autopista Kampala-Gulu . [1] Está ubicado inmediatamente al oeste del área más grande del puerto de Masindi , a lo largo de la carretera Rwekunye–Apac–Aduku–Lira–Kitgum–Musingo . Las coordenadas de Rwekunye son 1°42'39.0"N, 32°01'44.0"E (Latitud:1.710833; Longitud:32.028889). [2]
Rwekunye es funcionalmente un suburbio del área urbana más grande del puerto de Masindi (población estimada en 2009 de 10.400), [3] ubicado a 5 kilómetros (3 millas) al este a orillas del Nilo Victoria . [4]