SILVA es una base de datos de ARN ribosómico [1] [2] [3] establecida en colaboración entre el Grupo de Genómica Microbiana del Instituto Max Planck de Microbiología Marina en Bremen, Alemania, el Departamento de Microbiología de la Universidad Técnica de Múnich y Ribocon . [4] [5]
La versión 117 de la base de datos (enero de 2014) contenía más de 4.000.000 de secuencias de subunidades pequeñas (SSU - 16S / 18S) y 400.000 de subunidades grandes (LSU - 23S / 28S). [6] [ Verificación fallida ] Las secuencias se proporcionan como archivos para el entorno de software ARB. [4]
Ver también
Referencias
- ^ Christian Quast, Elmar Pruesse, Pelin Yilmaz, Jan Gerken, Timmy Schweer, Pablo Yarza, Jörg Peplies, Frank Oliver Glöckner (2013). Proyecto de base de datos de genes de ARN ribosómico SILVA: procesamiento de datos mejorado y herramientas basadas en la web . Investigación de ácidos nucleicos 41 (D1): D590-D596. doi : 10.1093 / nar / gks1219 [se necesita una fuente de terceros ]
- ^ Pelin Yilmaz; Laura Wegener Parfrey ; Pablo Yarza; Jan Gerken; Elmar Pruesse; Christian Quast; Timmy Schweer; Jörg Peplies; Wolfgang Ludwig; Frank Oliver Glöckner (2014). "Los marcos taxonómicos de SILVA y" All-Species Living Tree Project (LTP) " . Investigación de ácidos nucleicos . 42 (D1): D643 – D648. doi : 10.1093 / nar / gkt1209 .
- ^ Elmar Pruesse, Christian Quast, Katrin Knittel, Bernhard M. Fuchs, Wolfgang Ludwig, Jörg Peplies, Frank Oliver Glöckner (2007). SILVA: un recurso completo en línea para datos de secuencia de ARN ribosómico alineados y comprobados de calidad compatibles con ARB . Investigación de ácidos nucleicos 35 (21): 7188-7196. doi : 10.1093 / nar / gkm864 [se necesita una fuente de terceros ]
- ^ a b Silva . Ribocon GmbH. Consultado en noviembre de 2016. [ ¿fuente autoeditada? ]
- ^ Bioinformática ambiental . Grupo de Genómica y Bioinformática Microbiana, Instituto Max Planck de Microbiología Marina. Consultado en noviembre de 2016. [se necesita una fuente de terceros ]
- ^ Marc P. Hoeppner, Lars E. Barquist, Paul P. Gardner (2014). Introducción a las bases de datos de ARN . Methods in Molecular Biology 1097 : 107-123. doi : 10.1007 / 978-1-62703-709-9_6 .