El río nace en la Sierra Madre Occidental y atraviesa los estados de Durango y Nayarit para desembocar en el Océano Pacífico en la Reserva de la Biosfera Marismas Nacionales . [2]
Algunas especies de peces son nativas del río San Pedro Mezquital. Entre estos se encuentran las dos especies sobrevivientes de aleta dividida Characodon , ambas altamente amenazadas. [3] La extinta ojera de Durango ( Notropis aulidion ) era originaria del río Tunal, que forma las cabeceras del San Pedro Mezquital, un río de la vertiente del Pacífico que nace cerca de la ciudad de Durango , Durango , México (Chernoff y Miller 1986). Fue llevado allí solo en 1951 y 1961. [4]