El Baskonia B es el filial del Baskonia . Actualmente juega en la Liga EBA , la cuarta división del baloncesto español.
En la temporada 2000-01 jugó en la Liga EBA con Tiago Splitter como su jugador más importante. En 2012, el equipo pasa a formar parte de la Fundación 5+11 fruto del acuerdo entre el club y el Deportivo Alavés , principal club de fútbol de Vitoria-Gasteiz . En 2016, el club solicita a la FEB una plaza en la LEB Oro de la 2ª división española para la temporada 2016-17. [2] En 2017, la FEB aceptó la solicitud del club y el equipo ocupará un lugar en la LEB Plata de la 3.ª división española para la temporada 2017-18. [3]