La temporada 2006-07 de Segunda División es la duodécima temporada de la Segunda División escocesa en su formato actual de diez equipos.
Greenock Morton ascendió a Primera División como campeón de Liga. Stirling Albion , Raith Rovers y Brechin City ingresan a los play-offs de ascenso/descenso por un lugar en la Primera División junto con Airdrie United , que terminó en el segundo lugar de la Primera División.
Forfar Athletic descendió a Tercera División, mientras que Stranraer ingresa a los play-offs de ascenso / descenso con los equipos segundo, tercero y cuarto de Tercera División: Arbroath , Queen's Park y East Fife , respectivamente.
El noveno clasificado de Segunda División jugó contra el cuarto clasificado de Tercera División y el tercero clasificado de Segunda División jugó contra el segundo clasificado de Segunda División. Los play-offs se jugaron a dos partidos, el equipo ganador en cada semifinal avanzó a la final.
Los dos ganadores de semifinales se enfrentaron a dos partidos. El equipo ganador obtuvo un lugar en la Segunda División 2008-09 .