Comenzó su carrera profesional con Kashima Antlers en 1999 y durante su tiempo con Kashima Antlers estuvo cedido en Vissel Kobe en 2005, Avispa Fukuoka en 2006-2007 y Nagoya Grampus Eight en 2007 antes de regresar a Kashima Antlers en 2008 [1] y fue lanzado por el club al final de la temporada. Nunca ha jugado un solo partido de liga en las temporadas 2007 y 2008 durante su tiempo en préstamo con Nagoya Grampus Eight, Avispa Fukuoka y de regreso en Kashima Antlers.
De 2009 a 2013 jugó para el club Tampines Rovers de la S.League de Singapur y fue uno de sus jugadores clave, excepto cuando jugó una temporada para Mitra Kukar en 2012.
Kaneko luego se mudó a Ang Thong en Tailandia en 2014, y luego a Yangon United FC en Myanmar en 2015.
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