Se ubica en el Km. 125 de la Ruta 4 , a unos 80 kilómetros (50 millas) al sur-suroeste de Artigas , capital del departamento, y 127 kilómetros (79 millas) al este-noreste de Salto , la capital del Departamento de Salto .
Está situado entre los arroyos Arroyo Sequeira al este y Zanja de los Talas al oeste, ambos afluentes del río Arapey Chico , que fluye 4,5 kilómetros (2,8 millas) al sur del área poblada.
El nombre proviene del comandante de la misión guaraní Ramón Sequeira , quien en 1832 se rebeló contra el gobierno de Fructuoso Rivera . El 5 de junio de ese año Sequeira fue sorprendida y derrotada por tropas dirigidas por Bernabé Rivera en el Arapey Chico.
En 1997 un tornado arrasó el pueblo, destruyó chozas tradicionales de madera y barro. Sequeira fue reconstruida por completo con edificaciones más sólidas que se distribuyen a ambos lados de la Ruta 4.
Sequeira se destaca por tener un número inusualmente alto de centenarios. En 2003 eran Marta Caballero (102), Augusta Rodríguez Mezquita (113), Francisca Paz (101), Maneca Tejeira (106) y Bartolo Díaz (106).