Nació en Comilla y estudió economía en la Universidad de Dhaka . Luego estudió y trabajó en la realización de películas en la India, y regresó a Bangladesh en 1991. Solía escribir cuentos cuando era más joven. Su primera novela fue Palabar Path Nei (Sin ruta de escape), una historia que exploró la vida de dos mujeres solteras en Dhaka. La segunda novela de Shaheen, Talaash, ganó el premio Prothom Alo al Mejor Libro del Año en 2004. Por esta novela, también ganó el 3er Premio Literario Asiático-2020, un premio importante en Corea del Sur, Talaash (Ing: The Search, trad. Ella Dutta) , traducido al coreano por Seung Hee Jeon. Talaash (La búsqueda) trata sobre birangana (literalmente mujeres heroicas) de Bangladesh, mujeres que fueron violadas durante la guerra de liberación en 1971.
Sus cuentos han sido publicados en Words without Border y otras prestigiosas revistas literarias. Las obras de Shaheen se han traducido al inglés, alemán y coreano.
Trabaja como editora en la Unidad de Medios y Comunicación de Ain o Salish Kendra, una organización de derechos civiles en Dhaka.