El asedio de Fort Pilar se libró entre abril y mayo de 1899 en la entonces ciudad de Zamboanga en Mindanao como parte de la revolución filipina . Una de las pocas acciones contra las fuerzas coloniales españolas en Mindanao , la victoria provocada por la Nación Etnolingüística Zamboangueño, luego de la toma del Fuerte Pilar varias semanas después, allanó el camino para la fundación de la efímera República de Zamboanga .
Cuando la revolución filipina se extendió a Mindanao , el general Vicente Álvarez organizó un ejército de filipinos cristianos, guerreros tribales y krismen musulmanes y luchó contra los españoles por el bien de la libertad.
Álvarez inició la revolución en Zamboanga, en marzo de 1898. Consiguió tomar el control de la península, salvo el puerto de Zamboanga y el Fuerte Pilar, que fueron fortificados por las fuerzas españolas. Luego organizó el Gobierno Revolucionario Zamboangueño junto con sus edecanes Felipe Ramos y Melanio Calixto. Calixto fue ascendido a Mayor, Ramos como Capitán y al mando de las dos compañías asistido por el Capitán Gowito Sebastián, y Álvarez quien fue designado por unanimidad como general de las fuerzas revolucionarias. Juntos constituyeron el Consejo Revolucionario.
El gobernador general de la isla de Mindanao, general Jaramillo, transfirió su mando al general Montero, ex gobernador de Cebú, y partió hacia Manila en diciembre de 1898 [1].
Los revolucionarios, que tanto necesitaban armas militares, acudieron a ellos cuando sucedió algo afortunado a su favor. Uno de los dos barcos propiedad de un traficante de armas con base en Sandakan que suministraba armas, municiones y alimentos a las fuerzas españolas en Tawi-Tawi , Jolo y Basilan y Zamboanga, encalló cerca de la isla de Mariki debido a una tormenta repentina. Como resultado, decidió llevarse a todos los hombres, dejando atrás el cargamento de armas del fatídico barco. Cuando esta información llegó a Álvarez, quien trasladó el Comando Revolucionario a Masinloc (actual Arena Blanco), ordenó a sus hombres que vigilaran el barco. Pudieron conseguir rifles, pistolas, municiones, alimentos y otros suministros muy necesarios.
El Consejo Revolucionario con base en Masinloc pudo planear el ataque al Fuerte Pilar después de estar completamente armado. Anticipándose al ataque, los españoles establecieron la primera línea de defensa, pero las fuerzas revolucionarias pudieron penetrar la línea de defensa española mediante el uso de barcos de pesca nativos que se infiltraron en Santa Bárbara desembarcando justo debajo del muelle del Barrio. Santa Bárbara fue incendiada por las fuerzas revolucionarias luego de la evacuación de los residentes. En marzo de 1899, el general Álvarez decidió retirar temporalmente sus fuerzas del escenario de la batalla, dejando a unos pocos hombres en las cercanías para vigilar a los españoles dentro del fuerte.