Nacido en Karditsa, Grecia , Boudouris comenzó su carrera profesional en Anagennisi Karditsa (Kanaria) y jugó para el club desde 1995 hasta 2001. Boudouris jugó en Beta Ethniki y Gamma Ethniki para el club Poseidon Neoi Poroi desde 2002 hasta 2004. También jugó para el club Olympiakos Volou de 2004 a 2007.
En verano de 2007 numerosos clubes de fútbol de la Superliga griega y Beta Ethniki se interesaron por ficharlo, aunque finalmente aceptó una oferta del Anagennisi Karditsa para volver al club seis años después. Boudouris podría tener la mejor temporada de su carrera en 2007/08 cuando lideró al Anagennisi Karditsa en el ascenso al Beta Ethniki después de ocho años, venciendo al Ilioupoli FC 2-0 en un partido de eliminación directa en Atenas , cuando anotó dos goles. En la temporada 2007-08, Boudouris anotó 17 goles en la liga y fue galardonado con la bota de oro de Gamma Ethniki . También ayudó a Anagennisi Karditsapara evitar el descenso en la temporada 2008-09, anotando 10 goles en Beta Ethniki y siendo el máximo goleador del club. Al final de la temporada varios equipos como Diagoras FC y Kerkyra estaban interesados en fichar a Boudouris pero finalmente selló un nuevo contrato con Anagennisi Karditsa demostrando su devoción por el club y rechazando ofertas más altas. Boudouris era considerado como el capitán natural por la afición aunque en 2010 se negó a ostentar el filial de capitán entregado en el nuevo y experimentado fichaje Angelos Digozis . Su temperamento, moral y desempeño fueron reconocidos por todos los fanáticos de Anagennisi Karditsa .
En el verano de 2010, tras los graves problemas administrativos, firmó un contrato con el Panthrakikos , que compite en Beta Ethniki para la temporada 2010-11.