La Escuela Secundaria Ecuménica Stann Creek abrió sus puertas por primera vez en septiembre de 1974. Esto puso fin a la separación denominacional en la educación secundaria, ya que la Escuela Secundaria Ecuménica Stann Creek (Ecuménica) fue el producto de la fusión de la antigua Escuela Secundaria Stann Creek (anglicana) y la Escuela Secundaria Austin. (Católico). Una Comisión Ecuménica, compuesta por los líderes de las tres denominaciones religiosas principales (católica, anglicana y metodista), supervisó el crecimiento inicial de la institución hasta convertirse en un centro regional de aprendizaje, sirviendo a todo el distrito de Stann Creek y más allá. Para 1983, la Comisión Ecuménica solicitó al Ministerio de Educaciónasumir la responsabilidad de la institución. En respuesta a esta solicitud, se nombró una nueva Junta de Gobierno.
En 1986, se estableció una División de Sixth Form a pedido del Ministerio de Educación. El primer énfasis de esta división fue en Estudios Comerciales, pero la expansión gradual agregó programas de Estudios Generales, Educación Primaria, Turismo, Ciencias Comerciales y Arte/Ciencia. Al mismo tiempo, el Sixth Form pasó a llamarse "Junior College" para facilitar la transferencia de créditos a las universidades de los Estados Unidos, y se agregó una División Nocturna para satisfacer la creciente demanda de educación de nivel terciario .
Además, en respuesta a la necesidad de la comunidad de servicios de extensión de nivel secundario, las Sesiones Vespertinas de la División de Escuelas Secundarias comenzaron en septiembre de 2001. Dos años más tarde, las necesidades y el crecimiento de las divisiones secundaria y terciaria justificaron su separación en entidades autónomas aún bajo la dirección de la Junta de Gobierno. En consecuencia, en septiembre de 2003, el Junior College, dirigido por un Decano, se separó oficialmente de la Escuela Secundaria, que estaba dirigida por un director. En junio de 2008, el Junior College recibió su propia Junta de Gobernadores, completando así el proceso de separación de la escuela secundaria del Junior College.
A medida que pasaron los años, Stann Creek Ecumenical Junior College ha tenido un aumento en la población. En 2014, el colegio universitario había inscrito a más de 300 estudiantes. Los estudiantes ahora participan en ATLIB (Asociación de Instituciones de Nivel Terciario de Belice), donde hay varias disciplinas deportivas que juegan contra otras universidades y colegios universitarios, incluidos voleibol, baloncesto, softbol y fútbol. A medida que aumenta la población para la escuela secundaria, también aumenta la población para la escuela secundaria.