El Stony Brook comienza en 40 ° 39'12 "N 74 ° 27'11" W / 40.65333 ° N 74.45306 ° W , cerca de la intersección de Hillcrest Road y I-78 . Fluye hacia el sureste, cruzando Stirling Road, antes de girar hacia el suroeste. Luego gira hacia el noreste y desemboca en el lago Watchung. En el lago Watchung, se une a un afluente sin nombre del noreste y otro del suroeste. Luego sale del lago y se dirige al sureste a través de la ciudad de Watchung. Pasa a través de Stony Brook Gorge en la primera montaña Watchung y sobre las cataratas de Wetumpka .
Cruza la ruta 22 y se une a Crab Brook . Luego cruza Greenbrook Road y gira hacia el sur. Se cruza la avenida West End y desemboca en el arroyo verde a 40 ° 36'28 "N 74 ° 26'52" W / 40.60778 ° N 74.44778 ° W , en el parque del arroyo verde.