Subterránea trata sobre un hombre que ha sido objeto de un experimento. Ha estado cautivo, casi como una privación sensorial , durante toda su vida y no tiene ningún contacto con el mundo exterior ( Proveedor ). Al final de Provider, se escucha un sonido chirriante, que representa por dónde escapa o se suelta. No está claro si realmente escapa o si lo dejan salir a propósito, como parte del experimento. Los miembros de la banda han dado varias explicaciones. Martín Orfordexplicó: "Como parte del experimento después de toda la privación sensorial, se le suelta en el mundo exterior. Así que se va al mundo exterior, todo el tiempo siendo monitoreado por estas personas". De cualquier manera, lo que sucede es que el personaje central no sabe por qué está encarcelado. No sabe por qué se libera y está expuesto a toda esta sobrecarga sensorial, todas estas imágenes, sonidos y olores que nunca antes había experimentado. Tiene que digerir todas estas cosas (coches, edificios, televisión, etc.) en una sensación abrumadora ( Subterránea ). Después de algunos tiempos difíciles entre las personas sin hogar y vagabundos ( Sleepless Incidental) se involucra con una secta religiosa que intenta acogerlo, porque lo ven como una presa fácil. Intentan darle sentido a su vida porque no sabe lo que está pasando, pero se niega a ser convertido por ellos ( Failsafe ).
Conoce a una chica, su nombre es 'Maya', según las notas y varias letras al final del álbum, y se enamora de ella. Tiene una profunda amistad y romance con Maya, quien lo nombra ( Speak My Name ), pero al final ella se la quita ( Tunnel Vision ). Según algunas explicaciones, ella es asesinada por las personas que lo tenían prisionero. Hay mucha ira en ese momento y luego se da cuenta de que lo están siguiendo. Todo el tiempo está siendo observado y se las arregla para localizar a la persona que lo observa. El experimentado lo mata por la ira, no sin antes obligar al acosador a revelar el nombre del hombre responsable de su miseria (Mockenrue) ( Coro Infernal). Al no poder manejar su situación, el personaje central se retira a su propia mente, que es básicamente lo que explica King of Fools . Luego hay un período de reflexión tranquila, The Sense in Sanity , donde trata de averiguar qué está pasando, seguido de un regreso a la realidad con State of Mine .
En el segundo disco del álbum, se da cuenta de que es parte de algún tipo de experimento y que lo han mantenido alejado por alguna razón, por lo que necesita saber por qué sucedió eso ( Breathtaker ). En un momento dado, toma un 'disfraz' para poder descubrir qué hay detrás de todo esto, y logra matar a más de los agentes que lo siguen mientras lo hace parecer un accidente ( Capricornio ). En el camino, también se da cuenta de que la vida en el mundo exterior es mucho más difícil que su vida anterior controlada ( Unsolid Ground ). A medida que avanza la historia, se da cuenta de que no es la única víctima del experimento ( Somewhere in Time); hay otros que llevan la misma marca, el extraño símbolo que es un tema recurrente en la carátula del CD (el logo cuadrado de IQ que es el tatuaje en el brazo del hombre en la página de Sleepless Incidental en el cuaderno de Subterranea ).