Hubo 14 equipos compitiendo en la Nationalliga A de 1968–69. Estos fueron los 12 mejores equipos de la temporada anterior de 1967–68 y los dos equipos recién ascendidos Winterthur y St. Gallen . El Basilea terminó la temporada de liga como campeón un punto por delante del Lausanne Sports en segunda posición, al que el Basilea derrotó por 4-0 en el penúltimo partido de la temporada, y seis puntos por encima del FC Zürich , que terminó tercero. Basilea ganó 13 de los 26 juegos, empató diez, perdió tres veces, anotó 48 goles y concedió 28. [1] St. Gallen ganó la Copa de Suiza y, por lo tanto, se clasificó para la Copa de ganadores de la Copa 1969–70 .