TSG Thannhausen tiene sus primeros orígenes como organización en 1862, primero como club de gimnasia y luego como club de gimnasia y cuerpo de bomberos, según lo exige la ordenanza local. La fecha de fundación reconocida del club es 1890, con la sección de fútbol establecida en la década de 1920. La asociación colapsó en 1943 debido a las presiones provocadas por la Segunda Guerra Mundial, pero se restableció después del conflicto el 14 de julio de 1947.
Thannhausen fue uno de los pocos equipos por debajo de la tercera división que se clasificó para la DFB-Pokal 2006-07 . El club fue anfitrión de los gigantes de la Bundesliga, el Borussia Dortmund , en un partido de copa de primera ronda, perdiendo 3-0. Su única aparición anterior en la DFB-Pokal fue una derrota por 6-0 ante el Bayer Leverkusen en la primera ronda de 1975.
Durante la mayor parte de su historia, el club existió en los niveles más bajos del sistema de la liga Schwaben, y sus únicos momentos brillantes fueron las victorias consecutivas de la Copa Schwaben en 1974 y 1975. En 1965 y 1971, el club logró el ascenso de la A- Klasse a la Bezirksliga, a partir de 1971 el club siempre se mantuvo en la Bezirksliga o superior. En 1984 y 1985, el club estuvo cerca del ascenso a la Landesliga, perdiendo ambos años los decisivos del ascenso.
El club hizo una aparición en una sola temporada en la Landesliga Bayern-Süd (V) en 1990–91 antes de regresar al juego de quinto nivel en 2001, siendo relegado a la Bezirksoberliga Schwaben . La siguiente década vio al club moverse entre Bezirksoberliga y Bezirksliga, antes de recuperar su estatus de Landesliga en 2001, por dos temporadas más, antes de volver a descender. Sin embargo, el club se recuperó y ganó su tercer ascenso a la Landesliga en 2004. Después de un segundo lugar en la Landesliga en 2007, Thannhausen avanzó a la Bayernliga (IV) por primera vez, ganando la ronda de promoción , convirtiéndose en el equipo número 99 en jugar. en esta liga desde 1963. Una serie de buenos resultados en la primavera de 2008 puso al TSG en la pelea por el ascenso a laRegionalliga Süd , el excelente séptimo lugar al final de la temporada, sin embargo, no fue lo suficientemente bueno para archivar esto. Después de dos buenas temporadas en la liga, 2009-10 resultó un fracaso, con el equipo terminando 18º y descendiendo a la Landesliga. Tras cuatro temporadas en la Landesliga el TSG sufrió otro descenso, ahora a la Bezirksliga. Un último puesto en 2015-16 hizo que el club descendiera una vez más, ahora a la Kreisliga. Un título en 2018 devolvió al TSG a la Bezirksliga.
Además de su lado de fútbol, el club deportivo actual cuenta con más de 1.100 miembros con departamentos de atletismo , gimnasia, tenis de mesa, voleibol y deportes de invierno .