La contrarreloj masculina del Campeonato Mundial de Ruta UCI de 2006 se llevó a cabo el 21 de septiembre de 2006 en la ciudad austriaca de Salzburgo . La carrera fue parte de los Campeonatos del Mundo de Ruta UCI . El ciclista suizo Fabian Cancellara ganó la medalla de oro y el maillot arcoíris como campeón mundial de contrarreloj de 2006.
A cada Federación Nacional se le permitió ingresar 2 corredores. Al final, se seleccionaron 53 ciclistas para la carrera, con el ciclista polaco Piotr Mazur sin comenzar, 52 ciclistas participaron efectivamente.