La tercera opción esla tercera novela de Vince Flynn , y la segunda que presenta a Mitch Rapp , un agente estadounidense que trabaja para la CIA como agente de una unidad encubierta de contraterrorismo llamada "Equipo de Orión". El primer libro de la serie de Mitch Rapp, American Assassin , fue escrito más tarde, pero es un prólogo de Kill Shot , el segundo de esta serie. El título hace referencia a la opción en las relaciones internacionales cuando falla la diplomacia y la intervención militar es inapropiada: black ops .
Mitch Rapp es enviado a una misión muy delicada en el norte de Alemania para asesinar al Conde Heinrich Hagenmiller V, un poderoso traficante de armas que ha estado vendiendo armas a Saddam Hussein y otros enemigos de los Estados Unidos. Rapp mata con éxito a Hagenmiller, solo para ser traicionado por sus compañeros de misión "Jane y Tom Hoffman", quienes intentan matar a Rapp disparándole dos veces en el pecho, sin saber que su chaqueta estaba forrada con kevlar .que absorbió las rondas y lo derribó. Jane (la que le disparó) organiza rápidamente la escena para implicar a Rapp y luego huye del lugar con Tom. Un Rapp sorprendido finalmente se despierta. Como resultado de su caída, una herida en su cabeza ha dejado un pequeño charco de sangre en el piso. No queriendo dejar atrás la evidencia forense, prende fuego a la habitación y escapa rápidamente.
De vuelta en Washington, DC , la situación en Alemania rápidamente se da a conocer a políticos y funcionarios, y algunos intentan usar la situación para su propio beneficio. El congresista demócrata Albert Rudin no se deja engañar por la negación de participación de la CIA y argumenta que es una prueba más de que la CIA es mala para Estados Unidos y el mundo, y debería cerrarse. Henry "Hank" Clark, quien es un senador republicano corrupto, ambicioso y calculador de los EE. UU. con la mirada puesta en la presidencia, es quien ordenó el golpe contra Rapp, con la esperanza de que su cadáver avergonzaría al presidente Robert Xavier Hayes y arruinaría el trayectoria de la Directora del CTC, Dra. Irene Kennedy. Clark, junto con Rudin y el Secretario de Estado Charles Middleton, están en una alianza para evitar que el Dr. Kennedy suceda al moribundo Thomas Stansfield como director . Sin el conocimiento de Rudin y Middleton, Clark envía a un grupo de asesinos a sueldo liderados por el "profesor" Peter Cameron, para iniciar una purga de sangre generalizada que eliminará a cualquier persona que pueda dejarle un rastro en papel.
Rapp se esconde en Francia y ordena sus pensamientos. Él cree que es posible que su jefa, la Dra. Irene Kennedy, directora del Centro Contra el Terrorismo y "amiga", ordenó a los Hoffman que lo asesinaran para encubrir la situación. Rapp finalmente regresa a Washington y se enfrenta a ella y a su jefe, el director de la CIA, Thomas Stansfield, en su casa. También se encontró en la habitación al comandante retirado del SEAL Team Six, Scott Coleman. Con el arma en la mano, Rapp exige respuestas; luego de un breve discurso entre él y sus jefes, Rapp se da cuenta de que ellos no tuvieron nada que ver con el atentado contra su vida.
Rapp se entera de que muchos de sus colegas están siendo asesinados y que su novia Anna Rielly ha sido secuestrada por los asesinos. La secuestraron para tenderle una trampa mortal a Rapp. Los Hoffman (también conocidos como los Jansens) son asesinados frente a su casa por Cameron. Rapp, junto con Coleman y algunos otros agentes, finalmente rescatan a Anna y matan a todos los hombres de Cameron en el proceso. Cameron, que estaba hablando con uno de sus hombres por teléfono mientras se ejecutaba el asalto, se entera rápidamente de que todo ha fallado. Rapp contacta a Cameron y se compromete a matarlo a menos que confiese la identidad de su empleador. Cameron se niega a responder y rápidamente hace planes para irse del país. Sin embargo, solo momentos antes de que Rapp llegue a Cameron, es asesinado por una asesina italiana llamada Donatella Rahn, que fue contratada por Clark.