Colby era el hijo de John Colby de Beccles y su esposa, Ursula née Rede, hija de Edward Rede de Norwich . Ursula había enviudado tres veces antes: por Thomas Garneys de Beccles, por Thomas Browne de Attleborough , Norfolk y por Sir John Brende de Beccles. Thomas Colby se casó con Beatrice Felton, hija de Thomas Felton de Playford, Suffolk . Tuvieron seis hijos y tres hijas.
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