Harrison nació en Kingston upon Hull , East Riding of Yorkshire , hijo de Robert Harrison, comerciante. Se matriculó como jubilado en el Sidney Sussex College, Cambridge , el 12 de abril de 1634, a la edad de dieciséis años, y se graduó de BA en 1638. [1]
Harrison viajó a Nueva Inglaterra en 1640 y allí se entrenó para el ministerio. Se convirtió en capellán de Sir William Berkeley , gobernador de Virginia, enemigo de los puritanos. El gobernador, con la connivencia de Harrison, expulsó de Virginia a ciertos ministros que tenían opiniones extremas, y su expulsión fue seguida por un desastroso levantamiento entre los indios. Esto fue sostenido por muchos, incluido Harrison, como un juicio de la Providencia contra los perseguidores de los predicadores expulsados.
Así, el cambio de opinión de Harrison ocasionó su despido, tras lo cual vino a Londres y, obteniendo cierta fama como predicador, fue elegido alrededor de 1650 para suceder al Dr. Thomas Goodwin en su iglesia reunida en St. Dunstan-in-the-East . Allí permaneció unos años, tras lo cual se trasladó a Bromborough Hall , Wirrall, Cheshire.
En 1657 acompañó a Henry Cromwell , cuando fue a Irlanda como lord-teniente. Vivió en la familia de Cromwell y predicó en Christ Church, Dublín . En The Restoration dejó Irlanda y se estableció en Chester , predicando a grandes congregaciones en la catedral , hasta que fue silenciado por la Ley de Uniformidad de 1662 . De una lista de graduados en Cambridge del 10 de octubre de 1660 al 10 de octubre de 1661, parece que Harrison llevó allí su DD; pero según Calamy (Account, p. 607) lo recibió en Dublín. Después de la aprobación de la Ley de Uniformidad, regresó a Dublín y fundó una floreciente iglesia disidente de opiniones congregacionales.. Su elocuencia y fluidez tanto en la oración como en la predicación le aportaron gran notoriedad, y Calamy afirma que "era un completo caballero, muy cortejado por su conversación". Cuando murió hubo un duelo general en Dublín. Dejó tras él una valiosa biblioteca, que contiene muchos manuscritos, entre ellos un Sistema de la Divinidad en un gran folio escrito por él mismo.