Hay una serie de sistemas de transporte en las Comoras . Las Comoras poseen 880 km (547 millas) de caminos, de los cuales 673 km (418 millas) están pavimentados. Tiene tres puertos marítimos: Fomboni , Moroni y Moutsamoudou , pero no tiene una marina mercante, y ya no tiene ninguna red ferroviaria. Tiene cuatro aeropuertos, todos con pistas pavimentadas, uno con pistas de más de 2438 m (7999 pies) de largo y los demás con pistas de menos de 1523 m (4997 pies).
El aislamiento de las Comoras había convertido el tráfico aéreo en un importante medio de transporte. Uno de los logros del presidente Abdallah fue hacer que las Comoras fueran más accesibles por aire. Durante su administración, negoció acuerdos para iniciar o mejorar los enlaces aéreos comerciales con Tanzania y Madagascar. El régimen de Djohar llegó a un acuerdo en 1990 para unir Moroni y Bruselas por vía aérea. A principios de la década de 1990, los vuelos comerciales conectaban las Comoras con Francia, Mauricio, Kenia, Sudáfrica, Tanzania y Madagascar. La aerolínea nacional era Air Comores. Los vuelos diarios conectaban las tres islas principales y Mahoré también disponía de servicio aéreo; cada isla tenía pistas de aterrizaje. En 1986, la república recibió una subvención del CCCE del gobierno francés para renovar y ampliar el aeropuerto de Hahaya., cerca de Moroni. Debido a la ausencia de transporte marítimo programado entre las islas, casi todo el tráfico de pasajeros entre islas se realiza por vía aérea.
Más del 99% de la carga se transporta por mar. Tanto Moroni en Njazidja como Mutsamudu en Nzwani tienen puertos artificiales. También hay un puerto en Fomboni, en Mwali. A pesar de los amplios programas financiados internacionalmente para mejorar los puertos de Moroni y Mutsamudu, a principios de la década de 1990 solo Mutsamudu estaba en funcionamiento como instalación de aguas profundas. Su puerto podía albergar embarcaciones de hasta once metros de calado. En Moroni, las embarcaciones oceánicas generalmente se encuentran en alta mar y son cargadas o descargadas por embarcaciones más pequeñas, un procedimiento costoso y, a veces, peligroso. La mayor parte de la carga continúa enviándose a Tanzania, Kenia, Reunión o Madagascar para su transbordo a las Comoras. El uso de los puertos de Comoran está aún más restringido por la amenaza de ciclones desde diciembre hasta marzo. La Compañía de Navegación de Comoran, de operación privada (Société Comorienne de Navigation ) tiene su sede en Moroni y brinda servicios a Madagascar.
Las carreteras sirven a las áreas costeras, en lugar del interior, y el terreno montañoso dificulta el viaje por superficie.