La Copa de la Segunda Liga de Ucrania 1999-00 fue la primera edición de la competencia de la Copa de la Segunda Liga designada exclusivamente para clubes de la Segunda Liga . Fue organizado como un torneo de clasificación para la Copa de Ucrania y solo el finalista avanza a la competencia de la copa nacional.
La Copa comenzó con una ronda de clasificación el 18 de agosto de 1999 y constaba de 11 parejas. El ganador de esa ronda fue identificado por un solo juego y avanzando a la primera ronda de competencia. La primera ronda comenzó el 1 de septiembre. Desde la primera ronda y hasta la final, los equipos jugaron un torneo de eliminación en casa. Los dos mejores equipos se enfrentaron después de clasificarse para el evento principal. Tanto Borysfen como Kherson fueron eliminados en la segunda ronda de la Copa de Ucrania con un amplio margen el 29 de marzo de 2000. Posteriormente se enfrentaron en la final de la Segunda Copa de la Liga el 6 de mayo de 2000, aunque el último partido de semifinales de esa El torneo se llevó a cabo el 16 de noviembre de 1999. En la final que tuvo lugar en el estadio Dinamo de Kyiv, Borysfen venció a Kherson y se llevó el primer trofeo de la competencia.