La temporada 2012-13 del Murciélagos FC es la quinta temporada profesional del club desde su fundación. La temporada se divide en dos torneos, el Torneo Apertura y el Torneo Clausura, cada uno con formatos idénticos y disputados por los mismos treinta y dos equipos divididos en dos grupos. Murciélagos inició su temporada el 18 de enero de 2013 ante Correcaminos . Los Murciélagos juegan sus partidos de local los viernes a las 8:05 p.m. hora local. El 22 de diciembre de 2012, Murciélagos derrotó a Coras 2-1 (3-2 en total) para ganar su primer campeonato profesional en la historia del club.
Nota: Las banderas indican el equipo nacional tal como se define en las reglas de elegibilidad de la FIFA . Los jugadores pueden tener más de una nacionalidad no perteneciente a la FIFA.