El 14 de diciembre de 2005, Potokota fue nombrado obispo de la recién establecida diócesis de Maumere . La ordenación episcopal tuvo lugar el 23 de abril de 2006, con el arzobispo de Yakarta, cardenal Julius Darmaatmadja SJ, ordenando a Potokota como obispo. Los co-consagrados del evento fueron el entonces obispo de Weetebula Gerulfus Kherubim Pareira SVD, y el entonces obispo de Pangkal Pinang Hilarius Moa Nurak SVD [1]
Poco más de un año después de haber sido ordenado obispo de Maumere , Potokota fue instalado como arzobispo de la archidiócesis de Ende tras la muerte de Longinus Da Cunha . Potokota fue instalado como arzobispo el 7 de junio de 2007. [2]
Como arzobispo de la diócesis, Potokota ha hecho campaña sobre varios temas en Nusa Tenggara Oriental , como desalentar la minería y la deforestación en la provincia por el daño que causa al medio ambiente. [3]
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