Nacido en Nueva York , Morgan tenía experiencia como miembro de unidades de milicia tanto en Ohio como en Indiana . Al estallar la Guerra Civil, Morgan vivía como tendero en Brunswick, Missouri, y comenzó a reclutar hombres para una unidad de infantería montada en el servicio federal que se conocería como Morgan Rangers. Morgan fue nombrado coronel completo y autorizado para formar un regimiento completo de infantería, que se reclutó predominantemente en el norte de Missouri. Los Morgan Rangers finalmente se convirtieron en la 18.ª Infantería de Voluntarios de Missouri, que completó su formación en diciembre de 1861.
Las decisiones de Morgan a menudo parecían incendiarias considerando su papel inicial como comandante de las fuerzas de ocupación en el condado de Platte, Missouri . En un momento a fines de 1861, Morgan incluso le escribió a Henry Halleck recomendando que Morgan [ aclaración necesaria ] ordenara fusilar a dos simpatizantes confederados para dar un ejemplo al resto de la población local. En diciembre de 1861, Morgan ordenó a dos soldados confederados que regresaran a casa, ya sea con permiso o al vencimiento de sus términos de alistamiento, ejecutados en Bee Creek Bridge y, posteriormente, fue responsable del incendio de Platte City , Missouri.
En febrero de 1862, Morgan fue ridiculizado oficialmente por el mando superior por las acciones grandilocuentes que había perpetrado mientras estaba al mando del 18º Missouri en el condado de Platte. Morgan fue relevado oficialmente del mando del regimiento, que luego fue confiado al veterano capitán de artillería Madison Miller .
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