Lynch era miembro de una de las tribus de Galway y sirvió como alcalde durante el estallido de las guerras confederadas irlandesas . Las tropas británicas estacionadas en la guarnición de Forthill, que dominaba la ciudad, disparaban con frecuencia cañones y disparos contra la ciudad. La noche del 13 de marzo de 1642 prendieron fuego a todas las casas en los suburbios del este de la ciudad. Esto llevó a la captura de un barco de guerra anclado frente a Galway en la madrugada del 19 de marzo por parte de los habitantes de la ciudad, se cerraron las puertas de la ciudad y los habitantes declararon hostilidades abiertas contra la guarnición. Con el conde de Clanricarde como mediador, Lynch se aseguró de que la guarnición dejara de bombardear la ciudad.
Sin embargo, las hostilidades volvieron a estallar poco después, y la guarnición capturó y ahorcó a tres habitantes a la vista de los habitantes. Las cartas del alcalde indican que es posible que no haya tenido pleno control del ayuntamiento o de la población en ese momento, ya que se produjeron asaltos y asesinatos dentro de la ciudad, mientras que los abogados confederados Patrick D'Arcy y Richard Martyn encabezaban una facción en aparente oposición a Lynch. Fue sucedido en septiembre por Richard Martyn, quien supervisó el exitoso asedio de Forthill, que se rindió en junio de 1643.