La Estación Biológica Wayqecha es una estación de investigación ecológica tropical cerca del Parque Nacional Manú en Perú . Esta estación de investigación está ubicada (13°10'38.06"S, 71°36'16.36"W) en el curso alto del río Cosñipata, afluente del río Madre de Dios , en la Provincia de Paucartambo , Región Cusco . La estación se encuentra entre los 2200 y los 3700 m de altitud e incluye varios ecosistemas andinos , como bosques montanos, bosques enanos, matorrales montanos y pastizales altoandinos ( puna). Estos ecosistemas están conectados por una serie de senderos y por la carretera Paucartambo-Shintuya. La estación se estableció en 2005 y es administrada por dos organizaciones no gubernamentales: la ONG peruana Asociación para la Conservación de la Cuenca Amazónica (ACCA) y la Amazon Conservation Association (ACA) con sede en EE. UU., que también administran la Estación Biológica Los Amigos. en la selva tropical de tierras bajas del sureste de Perú.
La investigación actual en Wayqecha incluye un proyecto multidisciplinario que estudia el ciclo del carbono en suelos y bosques montanos y su respuesta al cambio climático , y estudios de patrones de diversidad de plantas y animales a lo largo del gradiente altitudinal andino. Wayqecha fue sede de un curso de campo de la Organización de Estudios Tropicales en 2007.
Wayqecha se encuentra a lo largo de la carretera Paucartambo-Shintuya, aproximadamente 1 hora al este de Paucartambo y 4 a 5 horas al este de Cusco , la ciudad más cercana.