En el universo de Basilisk , hay tres grupos principales de personajes, el Kouga Ninja, el Iga Ninja y otros que están asociados con el shogun. En la segunda temporada, The Ōka Ninja Scrolls , se introducen varios personajes nuevos.
Los Kouga se especializan en el sigilo y el asesinato con técnicas que, en su mayor parte, se basan en subterfugios. Incluso las habilidades diseñadas para la batalla, como el Dojutsu de Gennosuke, tienden a ser de naturaleza defensiva. En la segunda temporada, The Ōka Ninja Scrolls , se introducen varios personajes nuevos.
Gennosuke Kouga (甲 賀 弦 之 介Kōga Gennosuke) el heredero de Kouga Danjou que asume el liderazgo del clan tras la muerte de su abuelo. Un idealista y erudito que cree en mirar hacia el futuro en lugar de ser dominado por el pasado, Gennosuke ve la persecución de cualquier rencor como una práctica en última instancia inútil y autodestructiva. Se adhiere a sus ideales incluso después de enterarse de la absolución de la tregua de Hattori, lo que lo llevó a liderar a los Kouga en una expedición a Sunpu para suplicar al ex Shogun Ieyasu y Hattori Hanzou que restablezcan el tratado antes de que ocurra un nuevo derramamiento de sangre. Sin embargo, a pesar de ser un hombre de paz, si lo arrinconan, Gennosuke es más que capaz de matar a cualquiera que lo amenace a él oa los miembros de su clan. Además de su habilidad con la espada, Gennosuke ejerce un poder transmitido por su línea de sangre llamado Dojutsu. Una técnica de hipnosis,Dojutsu le permite a Gennosuke la capacidad de revertir la intención homicida de cualquiera que se encuentre con su mirada directamente, lo que hace que se suiciden en lugar de él. Debido a su poder, Iga nivela el campo de juego al cegar temporalmente a Gennosuke con el mismo ungüento Seven Days of Darkness que Oboro usó en sí misma.
Antes de la reanudación del conflicto, Gennosuke había tratado de poner fin a las hostilidades del clan casándose con la princesa Iga Oboro, a quien amaba en gran medida. Sus sentimientos por ella permanecen incluso cuando aumenta el recuento de cadáveres entre ambos clanes, llenándolo de tormento mientras lucha por reconciliar sus sentimientos personales con el deber que se le exige como líder de su clan. En el anime, Gennosuke lleva consigo una flauta que toca con frecuencia para Oboro y que simboliza su esperanza de unir a los clanes en paz.
Finalmente, incapaz de evitar enfrentarse a Oboro, Gennosuke se resigna a dejar que ella lo mate. En cambio, Oboro se suicida con lo que Gennosuke escribe en el pergamino que la última persona en sobrevivir fue Oboro antes de unirse a ella en la muerte.
Kagerou (陽 炎Kagerō) es una mujer extremadamente atractiva y una experta combatiente (lleva un shikomizue en su bastón y es muy experta en shurikenjutsu). La sensualidad de Kagerou es su arma más letal, ya que su aliento se vuelve venenoso cuando se excita sexualmente, una habilidad que le ha transmitido su madre. Está profunda y locamente enamorada de su superior y primo Kouga Gennosuke. Pero debido a los sentimientos de Gennosuke por Oboro y su propia técnica, ella no puede estar con él ni emocional ni físicamente; resultando en una persona hastiada llena de envidia y amargura. El objetivo favorito de Kagerou para sus frustraciones es Oboro y fue uno de los oponentes más ruidosos del matrimonio de ella y Gennosuke, y se apresuró a menospreciar y criticar a Oboro cada vez que podía. Capturado por Tenzen tras un intento de asesinar a Oboro,Kagerou fue torturado al borde de la muerte. En sus últimos momentos, sintiendo que los Kouga estaban condenados a la derrota y deseando ir a la muerte con el que ama, Kagerou intenta matar a Gennosuke, pero Oboro lo detiene usando su técnica ocular.