El itrio natural ( 39 Y) se compone de un solo isótopo itrio-89. Los radioisótopos más estables son el 88 Y, que tiene una vida media de 106,6 días y el 91 Y con una vida media de 58,51 días. Todos los demás isótopos tienen vidas medias inferiores a un día, excepto el 87 Y, que tiene una vida media de 79,8 horas, y el 90 Y, con 64 horas. El modo de decaimiento dominante por debajo del 89 Y estable es la captura de electrones y el modo dominante después es la emisión beta . Se han caracterizado treinta y cinco isótopos inestables.
El 90 Y existe en equilibrio con su isótopo padre , el estroncio -90, que es un producto de la fisión nuclear .