Se cree que el nombre de la ciudad, Zigoitia , deriva de la expresión vasca Zuya goitia (Alto Zuya) porque limita con el municipio y el valle de Zuya al oeste.
El hecho de que Zigoitia sea más alto que Zuya podría ser una explicación del nombre Zuya goitia . También hay que validar la existencia de vínculos históricos resilientes entre ambos valles; ya que Zigoitia perteneció históricamente a la Cuadrilla de Zuya .
Zigoitia es la forma normalizada del nombre del pueblo en euskera, según la pronunciación actual en ese idioma y la ortografía vasca moderna. En 1995 fue adoptado por el Ayuntamiento como nombre oficial del municipio. Fue publicado por el Boletín Oficial del Estado el 13 de septiembre de 1996.
En 2013 se excavó en la localidad la mayor fosa común del País Vasco desde la Guerra Civil Española .
Según el nomenclátor en 2011, la población censada en el municipio y en sus localidades era:
Acosta/Okoizta , Apodaka , Berrikano , Buruaga , Zestafe , Etxaguen , Etxabarri Ibiña , Eribe , Gopegi , Larrinoa , Letona , Manurga , Mendarozketa , Murua , Olano , Ondategi , Zaitegi .