El programa de fútbol de los Saint Francis Cougars representa a la Universidad de Saint Francis en el fútbol universitario . El equipo compite en la Mideast League (MEL) de la Mid-States Football Association (MSFA), que está afiliada a la National Association of Intercollegiate Athletics (NAIA). Kevin Donley se ha desempeñado como entrenador en jefe desde el inicio del programa en 1998. [1] San Francisco juega su partido de local en el Estadio Bishop John M. D'Arcy en Fort Wayne, Indiana .
Bajo Donley, Saint Francis ganó el Campeonato Nacional de Fútbol NAIA consecutivo en 2016 y 2017 . Los Cougars han ganado la Liga del Medio Oriente de la MSFA 13 veces y han hecho 19 apariciones en los playoffs de la NAIA.