La isobutiril-coenzima A es un material de partida para muchos productos naturales derivados de las líneas de ensamblaje de policetido sintasa (PKS), así como de las líneas de ensamblaje híbridas PKS-NRPS. Estos productos a menudo se pueden usar como antibióticos. En particular, también es un intermediario en el metabolismo del aminoácido Valina y estructuralmente similar a los intermediarios en el catabolismo de otros aminoácidos pequeños.