El equipo de fútbol de 2001 Saint Francis Cougars representó a la Universidad de Saint Francis , ubicada en Fort Wayne, Indiana , en la temporada de fútbol de 2001 NAIA . Fueron dirigidos por el entrenador en jefe Kevin Donley , quien cumplió su cuarto año como el primer y único entrenador en jefe en la historia del fútbol de Saint Francis. Los Cougars jugaron sus partidos de local en el Cougar Stadium y fueron miembros de la Mid-States Football Association (MSFA) Mideast League (MEL). Los Cougars terminaron empatados en el primer lugar en la división MSFA MEL. Ambos co-campeones recibieron invitaciones a los playoffs de la NAIA de la postemporada de 2001 .