El equipo de fútbol de 2003 Saint Francis Cougars representó a la Universidad de Saint Francis , ubicada en Fort Wayne, Indiana , en la temporada de fútbol de 2003 NAIA . Fueron dirigidos por el entrenador en jefe Kevin Donley , quien cumplió su sexto año como el primer y único entrenador en jefe en la historia del fútbol de Saint Francis. Los Cougars jugaron sus partidos de local en el Cougar Stadium y fueron miembros de la Mid-States Football Association (MSFA) Mideast League (MEL). Los Cougars terminaron en primer lugar en la división MSFA MEL y recibieron una oferta automática para los playoffs NAIA de postemporada de 2003 .